El comando para copiar es cp <origen> <destino>

cp -rf <origen> <destino>

Si aún así nos sigue pidiendo confirmación lo más seguro es que tengamos un alias del tipo cp='cp -i' (En Centos es lo que ocurre)

Si queremos copiar sin confirmar la sobre escritura

yes | cp -rf * <destino>

Tambien podemos quitar el alias con <szh<unalias cp</sxh>

Otra opcion para no eliminar el alias es encerrar entre apóstrofes, esto usa el comando tal cual sin alias. Por ejemplo

'cp' <origen> <destino>
'cp' -rf /RutaOrigen/* /RutaDestino/