Para migrar los archivos y carpetas compartidas de un servidor a otro tenemos que ejecutar los siguientes pasos

Copiar los archivos y carpetas

Para copiar los archivos y carpetas con los permisos se puede hacer con varios métodos:

ROBOCOPY “\\servidororigen\E$\fileserver” “\\servidordestino\e$\fileserver” /S /E /SEC /R:6 /W:10 /V /NP /LOG+:Rcpy_Full.log

Restaurar las carpetas compartidas

Para ello tenemos que hacer lo que se indica en el http://support.microsoft.com/?kbid=125996 Es decir hay que exportar desde el subárbol HKEY_LOCAL_MACHINE, la siguiente clave:

SYSTEM\CurrentControlSet\Services\LanmanServer\Shares 

Después sólo hay que importar dicha clave en el nuevo servidor y reiniciarlo

Documentación