Hasta la versión 6 te podías conectar con el cliente de escritorio al vcenter, crear una carpeta y arrastrar la mv huérfanas a dicha carpeta y luego borrar la carpeta entera.

Desde la versión 6.5 no podemos conectarnos con dicho cliente a nuestro vcenter por lo que sólo tenemos dos opciones

1. utilizando el powercli 6.5 de vmware y seguir el siguiente proceso https://victorhomocea.wordpress.com/2016/12/13/how-to-delete-orphaned-vms-on-vmware-vcenter-6-5/