Para copiar los archivos y carpetas con los permisos se puede hacer con varios métodos:

• restaurando desde la copia de seguridad
• utilizando robocopy (http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc733145%28v=ws.10%29.aspx)

ROBOCOPY “\\servidororigen\E$\fileserver” “\\servidordestino\e$\fileserver” /S /E /SEC /R:6 /W:10 /V /NP /LOG+:Rcpy_Full.log

• mediante la utilidad de Microsoft FSMT (File Server Migration Tool) http://www.microsoft.com/windowsserver2003/upgrading/nt4/tooldocs/msfsc.mspx
• otros

Para ello tenemos que hacer lo que se indica en el http://support.microsoft.com/?kbid=125996 Es decir hay que exportar desde el subárbol HKEY_LOCAL_MACHINE, la siguiente clave:

SYSTEM\CurrentControlSet\Services\LanmanServer\Shares 

Después sólo hay que importar dicha clave en el nuevo servidor y reiniciarlo

• http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc733145%28v=ws.10%29.aspx
• http://www.radians.com.ar/blog/?p=60